В ходе первого этапа экспертная комиссия определит лидеров в 6-ти основных номинациях: «Государство и общество», «Наука и образование», «Культура и массовые коммуникации», «Наука и образование», «Экономика и бизнес», «Здоровье и отдых», «Технологии и инновации» и в одной специальной номинации «Рунет за пределами RU».

По итогам первого этапа голосования будет проведен второй этап – рейтинговое голосование по т.н. «short-листу».
Окончательное решение по определению лауреатов примет Федеральная Экспертная Комиссия (ФЭК). Утвердит состав лауреатов Организационный комитет Конкурса.
Торжественная Церемония вручения Ежегодной Национальной премии РФ за вклад в развитие российского сегмента сети Интернет «Премии Рунета - 2006» состоится 29 ноября 2006 года на территории Всероссийского Выставочного Центра (ВВЦ), в 38 павильоне.

В ходе Церемонии будут названы лауреаты в 6 основных номинациях, двух специальных номинациях:
РУНЕТ ЗА ПРЕДЕЛАМИ RU (3 лауреата)
СПЕЦИАЛЬНЫЕ НОМИНАЦИИ, присуждаемые по решению Оргкомитета Конкурса.
Также будут вручены награды:
«Золотой Почетный знак»;
«Национальное достояние российского интернета».
В ходе проведения Церемонии будет остановлена Всероссийская интерактивная акция «Народное голосование» и объявлены «Народная десятка» и «Народный лидер».
Церемония вручения пройдет в рамках праздничного концерта 12 RUЛЕТ-шоу (12 лет Рунету), участниками которого станут звезды эстрады, театра, кино, спорта и телевидения.